1.渔业

鱼被认为是日本的主要自然资源。日本的领海及其专属经济区是世界第六大领海，面积约450万平方公里。日本国内外的捕鱼业一直以东京筑地鱼市为中心。鱼市是世界上最大的鱼品批发市场之一。由于千岛寒流与日本暖流的交汇于日本北海道附近的海域寒暖流交汇，可使海水发生扰动，上泛的海水将营养盐类带到海洋表层，使浮游生物繁盛，进而为鱼类提供丰富的饵料，渔业资源丰富。故形成世界第一大渔场----北海道渔场。

2.林业

日本森林面积为2527.9万公顷，森林覆盖率68%，林木蓄积量24.83亿立方米，其中：天然林14.28亿立方米，阔叶树占2/3，针叶树占1/3；人工林10.54亿立方米，多为针叶树。森林的年生长量为6200万立方米。日本的森林按水平分布，由暖带林、温带林、亚寒带林、亚热带林构成。由于受季风的影响，气候温暖，土地湿润，适合树木生长，形成世界重要的常绿阔叶林地域。

3、其他次要自然资源

日本的矿产资源贫乏，虽然其矿产资源种类较齐全，但蕴藏量都很小，因而有人称之为“金属资源标本国”。其主要原因是日本的地面将近2/3为新生界及新期火成岩之喷出岩，地质构造运动激烈且断层多，导致矿床小、矿层薄、矿石杂质含量高。在日本的矿藏中，煤、石灰石、硫磺以及铜、铋等的蕴藏量相对较大。日本的煤炭储量很少，主要分布在九州和北海道，但煤炭质量差，难以开采。目前日本可以基本自给的矿产有硫化铁、硫磺、石灰石和石膏等，铅、锌、铜和煤可以部分自给，其它主要依靠进口。

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